تأسست الجمعية في عام 1400 هـ بفضل جهود فضيلة الشيخ إبراهيم بن محمد الحصين - رحمه الله - الذي كان قاضي المحكمة المستعجلة في الهفوف، حيث أطلق أولى حلقات تحفيظ القرآن الكريم. وقد حصل الشيخ على تفويض من الجمعية الخيرية لتحفيظ القرآن الكريم في المنطقة الشرقية، مما ساعده في بناء الأسس الأولى لهذا الكيان الكبير. في السنة الأولى من تأسيسها، كانت هناك ثماني حلقات موزعة في عدة مساجد، وتم تنظيم احتفال في نهاية العام لتكريم الطلاب المتفوقين والمعلمين. واستمر العطاء في هذه الحلقات حتى توسعت لتشمل جميع أنحاء محافظة الأحساء (مدن وقرى ومراكز). في عام 1410 هـ، بدأت أولى مراكز تحفيظ القرآن الكريم النسائية بإنشاء مركز أم كلثوم بنت علي رضي الله عنها في حي المربدية ومركز أمامة بنت أبي العاص رضي الله عنها في المبرز. وبعد ذلك، تطورت الحلقات النسائية وزادت انتشاراً، مما أدى إلى إنشاء قسم نسائي مستقل في الجمعية عام 1425 هـ، وقد أثمر هذا القسم عن تخرج العديد من الحافظات اللاتي حصلن على جوائز محلية ودولية.