تأسست الجمعية في عام 1400 هـ على يد فضيلة الشيخ إبراهيم بن محمد الحصين -رحمه الله- الذي كان يشغل منصب قاضي المحكمة المستعجلة في الهفوف، حيث أطلق أولى الحلقات القرآنية. وبتفويض من الجمعية الخيرية لتحفيظ القرآن الكريم في المنطقة الشرقية ودعمها، استطاع الشيخ أن يضع الأسس الأولى لهذا الصرح العظيم. في السنة الأولى من تأسيس الجمعية، تم افتتاح ثماني حلقات قرآنية في عدد من المساجد، وأقيم احتفال في نهاية العام لتكريم الطلاب المتفوقين والمعلمين. واستمر العمل والعطاء في حلقات الذكور القرآنية، التي توسعت لتشمل جميع محافظة الأحساء من مدن وقرى ومراكز وهجر. في عام 1410 هـ، بدأت انطلاقة المراكز القرآنية النسائية، حيث تم افتتاح المركز النسائي الأول في الهفوف (مركز أم كلثوم بنت علي رضي الله عنها لتحفيظ القرآن الكريم) في حي المربدية، وأيضًا مركز أمامة بنت أبي العاص رضي الله عنها في المبرز. بعد ذلك تطورت الحلقات النسائية وزاد انتشارها، وتم إنشاء قسم مستقل للنساء بكوادر مدربة تم إعدادها في هذه المدارس، حيث تأسس القسم النسائي في الجمعية عام 1425 هـ، وأسفر القسم عن تخريج عدد من الحافظات وتحقيقهن لجوائز محلية ودولية.