تأسست الجمعية الخيرية لتحفيظ القرآن الكريم في محافظة العلا عام 1410 هـ، وكانت تتبع جامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية. وفي 4 يوليو 1413 هـ، تم تسجيلها برقم (1/3) تحت إشراف وزارة الشؤون الإسلامية والأوقاف والدعوة والإرشاد. ثم في 21 مارس 1441 هـ، تم تسجيلها برقم 3098 تحت إشراف وزارة الموارد البشرية والتنمية الاجتماعية. وفي 1 يناير 2023 م، الموافق 8 يونيو 1444 هـ، انتقل الإشراف عليها إلى المركز الوطني لتنمية القطاع غير الربحي.